Vsebina

• Pregled programske opreme
• Podprte vrste datotek
• Primarna končnica datoteke
• Druge razširitve datotek, ki jih uporablja Integrated Genome Browser 9

Različica (od 29.6.2016)	9
Platforme
Licenca	Odprtokodno
Kategorija	Znanstveni

Več informacij (obiščite spletno mesto izdajatelja)

Ocena: 2.8 / 5 (6 glasov)

Pregled programske opreme

Glavne značilnosti

• Podpira različne formate genoma, kot sta GenBank in FASTA
• Interakcija s podatki z animacijami povečave in premikanja
• Dostop in nalaganje genomov s spletnih mest QuickLoad
• Pretvorite podatke v različne oblike grafov
• Delite podatke s sodelavci preko Dropboxa
• Namestite vtičnike za dodatne funkcije

Integrated Genome Browser (IGB) je odprtokodni program, ki se uporablja za ogled in raziskovanje velikih genomskih podatkovnih nizov. Ogledate si lahko različne formate podatkov, interakcijo z vašimi podatki, ustvarite grafe, shranite podatke kot slike in jih delite s sodelavci.

IGB omogoča ogled podatkov iz pripomb in poravnanih sekvenc. Program podpira različne formate, kot so FASTA, BAM, BEDGRAPH, BigWIG, Cytoband in GenBank. Lahko vzamete podatke in jih pretvorite v različne oblike grafov, vključno z neusklajenimi grafi za osvetlitev podatkovnih razlik in globinskih grafov za prikaz pokritosti. S svojimi podatki lahko komunicirate tudi z animacijami za povečavo in premikanje IGB.

IGB vam omogoča dostop in nalaganje genomov s spletnih mest QuickLoad, ki so preprosti sistemi imenikov, zaporedij in drugih podatkovnih datotek za namene vizualizacije. IGB ponuja napredno funkcionalnost s podporo za vtičnike za dodajanje funkcionalnosti in avtomatizacijo poteka dela z uporabo skriptov. IGB vam ponuja tudi napredne funkcije za skupno rabo podatkov, ali jih objavite kot visoko kakovostno sliko JPEG, PNG ali SVG ali shranite podatke v Dropboxu, da lahko vaši sodelavci dostopajo do vašega projekta.

IGB uporabljajo predvsem univerzitetni raziskovalci, biologi in bioinformatiki. Zagotavlja napredna orodja za odpiranje različnih podatkovnih formatov genoma, vizualizacijo podatkov kot različnih grafov in izmenjavo podatkov s sodelavci. Na žalost se program opira na nepovratna sredstva za nadaljnji razvoj, kar pomeni, da se lahko podpora za vlogo kadar koli prekine. Vendar pa je Integrated Genome Browser še vedno sposoben, prilagodljiv program za uporabnike, ki iščejo raziskati in analizirati svoje podatke o genomu.

Podprte vrste datotek

Primarna končnica datoteke

.XML - XML ​​datoteka

Druge razširitve datotek, ki jih uporablja Integrated Genome Browser 9

Podprte vrste datotek
.BED	Datoteka z zapisi zapisa UCSC BED
.DAS	Analiza DeltaMaster
.A	FASTA formatirana zaporedna datoteka
.FAS	FASTA zaporedna datoteka
.FASTA	FASTA zaporedna datoteka
.GB	Podatkovna datoteka GenBank
.SGR	SGR Genomske podatkovne datoteke
.USEQ	USeq podatkovna datoteka genoma